Второй раз древняя летопись вспоминает о дубненском крае в 1216 году: недавно возникший в устье Дубны рубежный городок-крепость был сожжен в междоусобной войне князей. В 1451 году Дубна упоминается летописцами в связи с последним набегом татар на Москву; московский князь Василий II Темный отошел к Волге у устья Дубны, намереваясь собрать рать. Но татары, опасаясь нападения, ушли. Это событие князь отпраздновал со всем московским людом.
В ХVII в. Земли на стрелке Волги и Дубны входили в имение первого русского историка Василия Никитича Татищева (1686-1750), основателя Екатеринбурга. Дворянин В.Н.Татищев получил это имение, женившись на дворянке Редкиной. В усадьбе на Дубненском устье летом отдыхали сын и внук историка. Правнучка Татищева, Елизавета Ростиславовна, ставшая наследницей имения на Дубне, вышла замуж за князя Сергея Сергеевича Вяземского. В 1806 году у них родился первенец, князь Александр. Он стал военным, кавалером Георгиевского креста и дослужился до звания генерал-лейтенанта. В 1827 году на стрелке Волги и Дубны Вяземские построили каменную церковь Похвалы Богородицы (сменившую первую, деревянную). На склоне своих лет князь Александр напротив церкви построил трехэтажный усадебный дом. У входа была прикреплена гранитная табличка «Построил 1861 года кн. Ал. Серг. Вяземской».
В 1862 году князь А.С.Вяземский освободил крестьян своих деревень Александровка, Ратмино и Козлаки от крепостного права, составив с крестьянской общиной каждой деревни уставную грамоту об освобождении ее членов от крестьянской зависимости. Волю получили 132 души мужского пола с женами и малыми детьми. В 1888 году имение было продано купцу С.Н.Гоняшину.
Село Дубненское городище и 11 близлежащих деревень административно входили в Федоровскую волость Корчевского уезда Тверской губернии. В тридцатые годы ХХ века при строительстве канала Москва-Волга и Иваньковской ГЭС уездный город Корчева остался на дне Иваньковского водохранилища. Его жителей переселили в соседние деревни и поселки. У села Федоровское сейчас размещается одна из пристаней Московского море. В 1917 г. статус уездного города получило село Кимры Тверской губернии, к нему и прикрепили административно село Дубненское городище, ставшее деревней Ратмино.
В 1937 году в 8 км от устья реки Дубны вверх по течению Волги завершилось строительство плотины Иваньковской ГЭС, и волжская вода, накопленная в рукотворном Иваньковском водохранилище (Московском море), потекла в Москву по выстроенному за 3 года каналу Москва-Волга. У входа в канал появилась пристань Большая Волга и построенный вместе с каналом поселок энергетиков.
В годы Великой Отечественной территория нынешней Дубны стала одним из трех участков подготовки контрнаступления для защиты Москвы, начатого 6 декабря 1941 года. Здесь готовили пополнение для фронта и лечили раненых. В нынешней школе № 2 района Большая Волга во время войны размещался прифронтовой военный госпиталь. На месте захоронения умерших в госпитале от тяжелых ран солдат и офицеров в лесном массиве, прилегающем к улице Энтузиастов, в послевоенные годы установлен Мемориал как память о погибших в Великой Отечественной войне.
Вскоре после Победы, в 1946 году, на правом берегу Волги, в 4 км от устья Дубны, в заболоченном лесу началось строительство первого здешнего ускорителя. Это событие и стало началом города Дубны.
Советский Союз не жалел средств на развитие науки мирового уровня, потому крепким фундаментом будущего города физиков стало строительство ускорителя протонов – синхроциклотрона. Постановление от 13 августа 1946 года о строительстве ускорителя на правом берегу Волги в 4 км. от устья Дубны было подписано И.В.Сталиным.
Строительство развернулось зимой 1946-1947 годов. Все, что происходило на этой территории, было строго засекречено, обнесено колючей проволокой, усиленно охранялось. Строительство научного центра коренным образом изменило судьбы и быт людей. Когда весной 1949 года прибыли первые специалисты для наладки и эксплуатации ускорителя, их взору предстали две застроенные улицы –Центральная (Жолио-Кюри) и Школьная (Флерова). Новый поселок активно обустраивался с городским комфортом в окружении среднерусской природы.
В 1954 году поселок получил официальное наименование Дубно, с поселения сняли гриф секретности. 24 июля 1956 года рабочий поселок Дубно преобразован в город.
Два месяца спустя, 22 сентября 1956 года, Президиум Верховного Совета РСФСР издал новый указ: «О расширении черты города Дубно Калининской области и передаче его в состав Московской области». В черту города были включены населенные пункты: поселок Большая Волга, деревни Александровка, Козлаки, Новоиваньково, Ратмино и Юркино.
Датой основания города Дубны считается 24 июля 1956 года, когда поселок Дубно был произведен в ранг города.
Дубна отличается от значительной части городов России тем, что городской образ жизни складывался не веками, а исчисляется всего пятью-шестью десятилетиями. Дубну для работы и консультаций регулярно посещают выдающиеся ученые страны и ведущие ученые мира. Уровень духовной атмосферы, интеллектуальных требований с самого начала был поднят до самой высокой планки, что, естественно, предъявляло высокие требования к организации работы, быта и отдыха живущих в городе людей.
Международный статус Дубны продолжает и сотрудничество муниципалитета с городами-побратимами, которых насчитывает пока шесть.
Спрятать